【工作日志节选】AutoDock Vina1.2.3的编译安装_风闻

使用计算机平台为Intel处理器，Ubuntu20.04系统。

安装Vina需要安装其包依赖C++运行库boost，我早前下载好了boost1.78源码包。

安装流程为：

1.解压boost1.78源码包，图形界面提取或使用tar -zxvf 命令解压都可以。

2. 运行解压后文件目录中的shell脚本bootstrap.sh，注意这个脚本可以使用--help参数查看详细使用方法，包括设置编译器类型等。

$ sh bootstrap.sh

3. 运行bootstrap生成的可执行文件b2，这一可执行文件也可以用--help参数查看使用方法。

$ ./b2

4. 编译成功后会提示Boost C++库成功构建，此时即可使用b2进行安装。可使用sudo命令安装到/usr/local/boost1.78文件目录下：

$ sudo ./b2 --prefix=/usr/local/boost1.78 install

5. 将安装目录下的两个文件目录以修改.bashrc文件的方式加入环境变量：

$ echo “export CPLUS_INCLUDE_PATH=/usr/local/boost1.78/include” >> ~/.bashrc

$ echo “export LIBRARY_PATH=/usr/local/boost1.78/lib” >> ~/.bashrc

6.根据前些年在神威操作系统上安装vina的相关文献《分子对接软件AutoDockVina在太湖之光操作系统上的移植》，boost可能应该需要进行类似于make check之类的检查，但限于各种原因，因此仅编译了如下c++程序进行简单测试：

#include <boost/date_time/gregorian/gregorian.hpp>

#include <iostream>

using namespace std;

int main()

{

    boost::gregorian::date d(boost::gregorian::day_clock::local_day());

    cout << d.year()<<"." << d.month()<<"." <<d.day() <<endl;

    getchar();

    return 0;

}

随后使用g++和icpx分别编译此程序并运行，都产生了今天日期，取得成功。

7.包依赖解决，Vina安装正式开始，解压Vina1.2.3压缩包，tar解压或图形界面提取都可以

8.进入Vina解压目录下的/build/linux/release目录，并修改Makefile中的参数，可以指定boost包位置及编译器名称，粗体是我手动修改的部分。

BASE=/usr/local/boost1.78

BOOST_VERSION=

BOOST_INCLUDE = $(BASE)/include

C_PLATFORM=-static -pthread

GPP=icpx

C_OPTIONS= -O3 -DNDEBUG -std=c++11

BOOST_LIB_VERSION=include ../../makefile_common

9.使用make -j 命令编译，尽管编译过程中出现了一些警告提示，但仍然正常生成了vina和vina_split程序。经初步测试，可以显示帮助列表和版本号等。将这俩程序复制粘贴到/usr/local/bin文件目录下，完成安装。

后记：

本机平台为Intel处理器，因此为了最佳运行效率优先考虑Intel编译器（icc或icx），但目前intel编译器对许多源码的适应状况不良，因此C++运行库boost我是用Linux标配的gcc编译器编译的，编译器设置为Intel时则无法编译完成。而AutoDock Vina则使用icx编译器编译成功。

当然icx/icpx编译器（Intel OneAPI的DPC++编译器）还太新，是否会出现问题尚不清楚，需要在实际工作中进一步进行检验。