我们为什么研究G蛋白偶联受体？_风闻
返朴-返朴官方账号-关注返朴（ID：fanpu2019）,阅读更多！2021-12-16 17:38
GPCR简介
想象一个美好的周五傍晚，你终于完成了一周辛苦的工作，看了一眼窗外华灯初上，推开窗闻到了一阵食物的芬芳，你觉得饿了。你出门想找点吃的，路上一辆摩托车贴着你开过，吓得你心跳快了半拍。终于到了饭店，你点了烤串和啤酒，咬一口滋滋作响的羊肉，油脂香混合着幸福感直冲大脑，你感到一阵快乐……
在这个事件中，G蛋白偶联受体（简称GPCR）介导几乎每一步反应。视紫红质的激活让你看到东西，嗅觉受体的激活让你闻到香味，饥饿素受体的激活让你想摄入食物，肾上腺素受体的激活让你心跳加快，味觉受体的激活让你感知食物的美味，多巴胺受体的激活让你感到快乐。
GPCR是一类具有七次跨膜螺旋的膜蛋白受体，在人体里面有超过800个家族成员，它们参与调节人类生命活动的方方面面（图1）。如果人类是由化学反应调控的机器的话，GPCR就是机器里面的调节按钮。如果我们通过药物来调控这些按钮GPCR的活性，就可以调节人的生理病理状态，从而起到治疗疾病的目的。因为这个原因，GPCR是非常重要的药物靶点，目前FDA批准的药物约三分之一通过靶向GPCR来发挥药效[1]。在我开始GPCR研究之后，我就养成了仔细阅读药品说明书的习惯。有一次我因为咽炎咳嗽，大夫给我开了“开瑞坦”和“孟鲁斯特纳”，我一读说明书发现前者是组胺（H1）受体拮抗剂，后者是白三烯受体（CysLR1）拮抗剂，越发让我坚信研究GPCR大有可为。此外还有很多GPCR药物用于治疗多种威胁生命的重大疾病，如β肾上腺素受体阻滞剂美替洛尔（Metipranolol）用于治疗心律不齐和高血压；而β2肾上腺素受体激动剂福莫特罗（Formoterol）和沙美特罗（Salmeterol）用于治疗慢阻肺和哮喘；5-羟色胺受体1A的激动剂阿立哌唑（Aripiprazole）和维拉唑酮（Vilazodone）用于治疗精神分裂症和中重度抑郁症等。众多GPCR靶向的药物及其庞大的市场份额（约占全部治疗药物市场份额的27%）也反映了GPCR作为药物靶点的潜能与重大意义。
GPCR结构解析历史
由于GPCR重要的生理和药理功能，解析其结构成为了许多结构生物学家的目标。在这个过程中不少科学家采用不同的方法做出了杰出的工作，其中尤为突出的是一个半路出家进入结构领域的医学博士——斯坦福大学的Brian Kobilka教授。我将主要介绍Brian的工作，一方面因为Brian在这个方向做的工作尤其出色，另一方面因为Brian是我的博士后导师，我对他的工作比较熟悉。
在人的GPCR结构被解析之前，两类七次跨膜的膜蛋白结构被解析。一类是来自盐沼盐杆菌（Halobacterium salinarium）的细菌视紫红质（Bacteriorhodopsin）[2-5]，一类是牛眼睛里面提出来的视紫红质(Rhodopsin) [6]。其中细菌视紫红质虽然是七次跨膜蛋白，但它是一类感光的离子通道，工作机理不同于G蛋白偶联受体，结构上也和GPCR略有差异。牛眼睛里提出的视紫红质结构是第一个G蛋白偶联受体结构[6]。视紫红质的结构工作对于后续其他GPCR的结构解析提供了指导。
GPCR结构如何指导药物开发
随着受体表达纯化条件的成熟以及电镜技术的革命性突破，目前已经有许多不同GPCR结合不同配体的激活态或非激活态结构被报道出来。这些结构大大增进了我们对药物与GPCR相互作用和GPCR与下游G蛋白或者arrestin信号传递分子机理的理解。GPCR一直备受关注的主要原因是因为它们是重要的药物靶点。在获得了这么多的结构信息之后，这些信息如何能够指导我们设计更好的药物呢？我将利用下面三个例子加以介绍。
第一个例子是利用结构指导药物的改造。这是由我博士后时的实验室（清华大学Kobilka实验室）和合作者们一起完成的一个课题。在这个工作里我们试图开发一种对M3乙酰胆碱受体具有选择性的抑制剂，这样的化合物可能对如慢阻肺等呼吸道疾病具有治疗效果。而我们想减少对M2乙酰胆碱受体的抑制活性，以尽量减少对心脏的潜在副作用。这个工作的难点在于M2受体和M3受体的正构配体结合口袋非常相似，几乎一模一样。只有一个氨基酸不同。这个氨基酸在M2受体中是比较大的苯丙氨酸（Phe），在M3受体中是比较小的亮氨酸（Leu）。针对这单个氨基酸的区别，我们通过结构分析、分子对接、动态模拟、化学合成等手段，改造了一个本来对M3受体没有选择性的药物。改造过程中，在化合物的一个特定位置引入一个氟原子。按照基于结构的设计，这个氟原子可以和M3受体中比较小的亮氨酸共存，但是却会和M2受体中比较大的苯丙氨酸在位置上有冲突。通过这种方式，我们得到了具有M3受体选择性（体外实验105倍、体内实验>1000倍）的小分子化合物并利用结构生物学验证了其选择性的分子基础[16]。这个工作证明了基于结构精准改造药物的可行性。
第二个例子是利用结构进行分子对接，虚拟筛选目的GPCR的药物分子。这是来自UCSF大学的Brian Schoichet教授和John Irwin教授与北卡罗来纳州大学教堂山分校Bryan Roth教授的合作成果。在这个工作里，研究者们针对D4多巴胺受体（精神分裂症和帕金森症的药物靶标）进行了一个大规模的虚拟筛选。他们一共对D4多巴胺受体的正构配体结合口袋虚拟对接了1.38亿种不同的化合物。由于每种化合物有不同的对接模式，他们一共需要计算70万亿（70,000,000,000,000）种不同的结合方式。这个数字听起来特别庞大，但是利用强大的计算资源，在这个课题中他们只花了不到一天半就算完了。注意这是2019年发表的工作，随着计算能力的进一步提升，将来需要的时间会更短。在他们虚拟筛选出的化合物中，有一个化合物（ZINC621433143）表现出2.3 nM的高亲和力。这个化合物是多个手性异构体的混合物。它的其中一个手性异构体（ZINC621433144）表现出对D4多巴胺受体0.18 nM的亲和力，以及相比于其他亚型的多巴胺受体超过2500倍的选择性。这样，他们通过虚拟筛选直接找到了目前对D4多巴胺受体亲和力最高，选择性最强的激动剂。这样的化合物可能具有治疗精神类疾病的潜力。
第三个例子整合了第一个和第二个故事里面用的两种方法。这是来自格拉斯哥大学的Andrew Tobin教授和Sosei-Heptares公司Malcolm Weir博士团队以及多个团队的合作。在这个工作中他们基于结构开发了一个M1乙酰胆碱受体的特异性激动剂，这个化合物具有治疗老年痴呆症（AD）的潜力。因为人的记忆和大脑内的胆碱能系统有关，提升脑内的乙酰胆碱水平可能改善老年痴呆症患者的认知能力。临床用于治疗AD患者的药物中有一类是乙酰胆碱酶抑制剂，如多奈哌齐（donepezil）。这类药物通过抑制乙酰胆碱的水解，提升体内整体乙酰胆碱的水平，在早期AD患者中有一定疗效。但是乙酰胆碱酶抑制剂药物在使用中存在明显的剂量依赖的副作用，尤其是胃肠系统副作用。这些副作用限制了它们的临床应用。这是因为这类药物通过提升体内整体乙酰胆碱水平，同时激活人体所有的乙酰胆碱受体，而有些受体的激活会引起副作用。人体内一共有5类乙酰胆碱受体：M1，M2，M3，M4和M5。其中M1受体是治疗老年痴呆的主要靶点，而M2和M3受体是主要的副作用靶点。因此研究人员希望开发特异性激活M1受体的激动剂。在这个工作中，研究人员基于M1受体的结构模型，通过分子对接虚拟筛选了具有新骨架的M1受体激动剂，并基于结构对其进行了优化，最终得到一个具有良好药理性质的M1激动剂HLT9936。这个化合物可以顺利穿过血脑屏障，在老鼠和比格犬等动物模型上表现出改善认知的疗效，并且在健康老年志愿者身上展示出激活学习和记忆中心的效果[17]。进一步的临床实验正在进行中。
来自学术论文的基于结构指导药物设计的例子还有很多，很多公司也在尝试利用结构指导GPCR药物的优化。Christ Tate教授2020年在Cell杂志发表综述总结GPCR结构对药物设计的影响[18]。如他在文章中所说：通常一个药物从研发立项到获批上市需要10-15年的时间。Rhodopsin之外第一个高分辨率的GPCR结构的出现只是14年前的事情（2007年）。因此现在评估GPCR结构对于指导药物研发直至药物成功上市的影响还为时尚早。但从阶段性进展来看，GPCR的结构信息对于设计更好的药物具有重要的指导价值。值得一提的是虽然目前小分子药物约有三分之一靶向GPCR，这些所有靶向GPCR的临床药物只涵盖了约100多个GPCR靶点。人体内有800多个GPCR，除去其中一半是负责嗅觉，剩下的400个里面，还有300个左右GPCR属于潜在的药物开发靶点。针对这些GPCR的结构研究和药物筛选很有可能在将来某一天为人类带来更好的靶向药物。这也是为什么我们持续对研究GPCR的结构和功能感兴趣的原因。
作者贡献：
本文由刘翔宇执笔，任引航和张翔协助参与文章中部分内容的背景检索。图1由张欣手画。
参考文献
[1] Hauser, A. S., Attwood, M. M., Rask-Andersen, M., Schioth, H. B. & Gloriam, D. E. Trends in GPCR drug discovery: new agents, targets and indications. Nat Rev Drug Discov 16, 829-842, doi:10.1038/nrd.2017.178 (2017).
[2] Henderson, R. et al. Model for the structure of bacteriorhodopsin based on high-resolution electron cryo-microscopy. J Mol Biol 213, 899-929, doi:10.1016/S0022-2836(05)80271-2 (1990).
[3] Grigorieff, N., Ceska, T. A., Downing, K. H., Baldwin, J. M. & Henderson, R. Electron-crystallographic refinement of the structure of bacteriorhodopsin. J Mol Biol 259, 393-421, doi:10.1006/jmbi.1996.0328 (1996).
[4] Kimura, Y. et al. Surface of bacteriorhodopsin revealed by high-resolution electron crystallography. Nature 389, 206-211, doi:10.1038/38323 (1997).
[5] Pebay-Peyroula, E., Rummel, G., Rosenbusch, J. P. & Landau, E. M. X-ray structure of bacteriorhodopsin at 2.5 angstroms from microcrystals grown in lipidic cubic phases. Science 277, 1676-1681, doi:10.1126/science.277.5332.1676 (1997).
[6] Palczewski, K. et al. Crystal structure of rhodopsin: A G protein-coupled receptor. Science 289, 739-745, doi:10.1126/science.289.5480.739 (2000).
[7] Lefkowitz, R. J. & Hall, R. A funny thing happened on the way to Stockholm. (Pegasus Books, Ltd., 2021).
[8] Kobilka, B. K. Amino and carboxyl terminal modifications to facilitate the production and purification of a G protein-coupled receptor. Anal Biochem 231, 269-271, doi:10.1006/abio.1995.1533 (1995).
[9] Serrano-Vega, M. J., Magnani, F., Shibata, Y. & Tate, C. G. Conformational thermostabilization of the beta1-adrenergic receptor in a detergent-resistant form. Proc Natl Acad Sci U S A 105, 877-882, doi:10.1073/pnas.0711253105 (2008).
[10] Warne, T. et al. Structure of a beta1-adrenergic G-protein-coupled receptor. Nature 454, 486-491, doi:10.1038/nature07101 (2008).
[11] Rasmussen, S. G. et al. Crystal structure of the human beta2 adrenergic G-protein-coupled receptor. Nature 450, 383-387, doi:10.1038/nature06325 (2007).
[12] Rosenbaum, D. M. et al. GPCR engineering yields high-resolution structural insights into beta2-adrenergic receptor function. Science 318, 1266-1273, doi:10.1126/science.1150609 (2007).
[13] Cherezov, V. et al. High-resolution crystal structure of an engineered human beta2-adrenergic G protein-coupled receptor. Science 318, 1258-1265, doi:10.1126/science.1150577 (2007).
[14] Rasmussen, S. G. et al. Crystal structure of the beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex. Nature 477, 549-555, doi:10.1038/nature10361 (2011).
[15] Kang, Y. et al. Crystal structure of rhodopsin bound to arrestin by femtosecond X-ray laser. Nature 523, 561-567, doi:10.1038/nature14656 (2015).
[16] Liu, H. et al. Structure-guided development of selective M3 muscarinic acetylcholine receptor antagonists. Proc Natl Acad Sci U S A 115, 12046-12050, doi:10.1073/pnas.1813988115 (2018).
[17] Brown, A. J. H. et al. From structure to clinic: Design of a muscarinic M1 receptor agonist with potential to treatment of Alzheimer’s disease. Cell 184, 5886-5901 e5822, doi:10.1016/j.cell.2021.11.001 (2021).
[18] Congreve, M., de Graaf, C., Swain, N. A. & Tate, C. G. Impact of GPCR Structures on Drug Discovery. Cell 181, 81-91, doi:10.1016/j.cell.2020.03.003 (2020).
刘翔宇，分别于2004年和2011年获得北京大学学士学位和博士学位，后加入诺奖得主Brian K. Kobilka 教授实验室（清华）从事博士后研究，现为清华大学药学院助理教授、清华大学结构生物学高精尖创新中心研究员。2012-2013年荣获清华北大生命科学联合中心博士后基金，2013-2017年获得安进中国博士后奖学金，2021年获得国家自然科学基金委员会优秀青年基金支持。他的主要研究领域为与疾病相关的G 蛋白偶联受体（简称：GPCR）的结构生物学研究，以及基于结构的药物设计。GPCR作为人类基因组编码的最大类别膜蛋白超家族，有800多个家族成员，与人体生理代谢几乎各个方面密切相关。
本文经授权转载自微信公众号“结构生物学高精尖创新中心”。