转载，对于一些潜力病毒认识_风闻

[变异毒株]Delta时代的那些非Delta余孽们 - 知乎  https://zhuanlan.zhihu.com/p/438847803

话说，

Omicron的出现，可能预示着Delta一桶浆糊的时代也许在不久的将来就会结束。

现在差不多是时候来回顾一下，

在Delta制霸全球的半年左右时间里，

有哪些毒株勉强抵挡住了后浪的清洗，没有完全死在沙滩上……

这次咱直接参考上一期英国卫生安全局的《格兰地区新冠病毒VOC/VUI技术简报》（以下简称技术简报）吧~

（最新一期是Omicron特辑，不看也罢）

虽然英国常年防疫拉胯，英国卫生安全局（UKHSA）的某些骚操作也争议不断，

但他们搞的这个已经连载了一年的《技术简报》吧，真的是没法黑。

一句话评价，这货就是如今全球最齐全、最准确、更新最及时的高危变异株清单，没有之一。

全面碾压WHO版本、CDC版本和ECDC版本无悬念。

那么今天咱就借着UKHSA这份技术简报来好好八卦一下，

在Delta一桶浆糊半年之后，

全世界范围内仍然顶着Delta的淫威顽强存活的那些低调毒株吧……

——开门见山，请品鉴：

↑ 如上图，简单来说，在英国时间2021年11月12日新鲜出炉的这份技术简报里面，

一共有33种变异株上榜（某些子毒株姑且算是同一种变异株）。

包括：

4种“值得关注的变异株”（variant of concern, VOC）；9种“正在调查的变异株”（variant under investigation, VUI）；以及20种“正在监测的变异株”（variant under monitoring，VUM）。其中知名度最高的显然是4种VOC，

并且UKHSA的这部分榜单刚好和世界卫生组织完全一致，

分别是大家耳熟能详的Alpha（B.1.1.7）、Beta（B.1.351）、Gamma（P.1）和Delta（B.1.617.2），以及各自的徒子徒孙们。

其中Delta早已一桶浆糊，并且咱之前已然八卦过很多次了，

今天就直接跳过不提了。

咱直接开八其他三家。

一、过气的VOC们咱先看看上一代的全球霸主Alpha。

现如今Alpha在全球大多数地区都已经完全销声匿迹，

只剩下柬埔寨东北部/泰国西南部这一小块稳定传播的地盘。

——请品鉴：

↑ 虽然市占率一再缩水，但直到11月初，都还勉强保留了一成地盘~

挺难得了。

除了中南半岛之外，

Alpha在法国、加拿大、英国、美国等地还偶尔有一点余孽冒头。

总的来说，数量不算多，但焦虑却一点都不少。

因为病毒就是病毒，突变就是宿命，

只要还在传播，突变就一刻都不会停，

在柬埔寨，最新版本的Alpha是这个造型的~

——请品鉴：

比原始版的Alpha多出了一大堆突变，

其中最让人头皮发麻的是刺突蛋白的E484K+Q677H+A688S。

E484K已经很有名了就不提了，

而后两个则跟原有的P681H一起构成了弗林蛋白酶切割位点附近豪华的三突变组合。

很焦虑！

但是，

这种程度的突变其实只能算常规发挥罢了，

在当今这种战斗力注水的高武世界里，这种只没遇到过武林奇遇的配角~

Alpha家族真正的奇行种，还得看咱法兰西（本文还会经常乳法……）

顺便一提，各位可能想不到，

其实法国是全球数一数二盛产阴间变异株的鬼地方，

总之，法国的独家限量款Alpha名叫Q.7，

这货长下面这样，

——请品鉴：

哦不对，放错图了~

——应该是这样：

天空飘来几个字：亲妈不认识！亲妈不认识，就是对Q.7最恰当的评价。

这货相对于原始版Alpha，多出了下列刺突蛋白突变：

134del+A163V+M177T+L303F+V308L+Y449H+N460K+I472F+G485V

这满满的免疫缺陷病例长期排毒的既视感是怎么一回事……

说完Alpha，咱再来看看Beta。

话说Beta从诞生之日起就从来没有在全球市面上占据过主流地位，

当初最辉煌的成就，也不过是统治了南非、卡塔尔和孟加拉而已~

而现在更是没了主基地，只剩下四处流窜作案的命……

——请品鉴：

↑ 以上是Beta最后的据点——泰国~

但截止11月初，市占率只剩1%左右了。

不过吧，百足之虫死而不僵，

这货已经在南非和欧洲保持流窜作案的状态好几个月了，

丝毫不见消停~照样隔几天冒出来一例，

并且还在流窜的过程中完成了超级赛亚人变身……

现在最新款的Beta，已经变成了这样子~

——请品鉴：

↑ 论起养蛊，南非表示，在座各位都是……

总之，最新款Beta喜提以下刺突蛋白突变：

N30T+141/143del+S371F+N450D+A475V+F490Y+S494P+Q498R+D737Y+F888L

眼都看花了啊有没有！

小声说，这尼玛又是典型的免疫缺陷病例长期排毒的造型……

而且考虑到南非那两成多的艾滋病流行率，

这种武林奇遇似乎就是注定会发生的事故……

摊手~

最后，还剩Gamma~

相对来说，Gamma应该算过气VOC三兄弟里边相对混得最好的一家~

毕竟南美山高皇帝远，之前Delta也曾经数次折戟~

不过吧，元祖版Delta搞不定的地盘，不一定Delta家族的徒子徒孙全都搞不定……

所以我们已经看到，在AY.25和AY.33等后浪的努力下，

南美这块最难啃的骨头已经被Delta彻底征服了，

而曾经的土皇帝Gamma，如今只剩下这么点地盘~

——请品鉴：

↑ 4%可还行？

剩下的96%全被Delta（和Mu）瓜分掉了……

并且吧，不知道是不是由于原始版的Gamma已经挺接近完全形态~

或者只是单纯由于点背……？

总之，在后面好几个月的流行过程当中，Gamma显得异常稳定~

现在最新款的P.1.12，

相对于元祖P.1来说，也不过多出4个刺突蛋白而已~

——请品鉴：

D138Y+R246G+T284I+N679K

虽然不多，但三个NTD突变加一个弗林蛋白酶切割位点突变，

勉强也算得上缺哪儿补哪儿了~

以及，最近南美已经出现反弹爆发前兆，

不知道Gamma能不能再次把握风口，

一举实现二段变身吧。

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下面继续品鉴《技术简报》里的9种VUI（正在调查的变异株）。

分别是：

AY.4.2（Delta徒子徒孙之一）B.1.525（Eta）B.1.617.1（Kappa）B.1.621（Mu）P.2（Zeta）P.3（Theta）B.1.617.3AV.1B.1.1.318对了，大伙儿会不会觉着上面那堆代号……

就跟天书一样？

咱这就插播一个关于变异株名称的名词解释啊。

各位已经知道，新冠病毒的变异毒株层出不穷，

WHO搞的希腊字母命名法完全不够用的……

所以业界一般还是习惯用pango命名法。

用人话来说，pango命名法通常由从左到右3-4个小节组成，

每两个小节中间由分割符".“进行区分。

其中第一个小节是大写字母（一位字母或两位字母都可以），

比如说B.1.1.7，或者AY.4.2；

后面几节则全部是数字。

从左到右每个小节，都对应演化树上的一次进化枝分化

（可以类比初中学的“界门纲目科属种”不断细分）

以“”B.1.617.2”为例，

其中最左边的“B”，代表新冠病毒的B进化枝（当初武汉两种初始毒株之一）；

“B.1”则代表B进化枝下的第一个分支；

然后“B.1.617”代表B.1进化枝下的第617个分支；

再然后，“B.1.617.2”代表B.1.617进化枝下的第2个分支。

在变异株名称长度达到4个小节之后，

Pango team的老师会约定一个新的专属英文简称，

用来专门指代上述4个小节。

比如AY.4.2里边的"AY”，

指代的就是"B.1.617.2"这4个小节。

所以AY.4.2的意思，就是“B.1.617.2.4.2”。

（或者说，AY.4.2相对于原始株而言，演化树已经分支了6次）

——一图秒懂，请品鉴：

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回到主题，关于《技术简报》里边9种上榜VUI，一句话总结如下：

AY.4.2是Delta家族最耀眼的当红新星；Mu是当前新冠病毒江湖仅次于Delta的六边形全能战士（可惜照样不太挡得住Delta的蚕食）；B.1.1.318是被WHO忽略的实力派干将（可惜还是挡不住Delta的猛攻）；其他六位……则全都是已经过气但暂时没有死在沙滩上的前浪~说到前浪后浪推前浪，

现如今的《技术简报》清单，

其实非常形象地说明了新冠病毒演化至今已经发生的一种范式转换：

在前Delta时代，某种变异株是否牛鼻，需要从多维度评估，比如突变位点吓不吓人、传染性高不高、毒力猛不猛、免疫逃逸强不强，等等；而在Delta一桶浆糊的现在，判断变异株是否牛鼻的标准已经异常简洁且同质化——只要能继续苟活，不被Delta完全拍死在沙滩上，就是牛鼻，就是强。下面就一一简单点评几句吧~

B.1.525（Eta）这货大概在2020年7月份首次现身尼日利亚。

2021年3月底到达流行率顶峰，约占全球1%的样子~主要流行范围是以尼日利亚为中心的中部非洲地区，以及美国加拿大；其中在苏丹实现了超过五成的市占率。

——请品鉴：

这货之所以能喜提WHO专属希腊字母，主要原因是在非洲某些地方长时间持续处于主流地位。

2021年4月份之后，这货逐渐被Delta取代，现如今只剩零星散发。WHO专属希腊字母称号也被收回了……

最后一次现身是2021年9月20日（在荷兰）。

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B.1.617.1（Kappa）和B.1.617.3毫无存在感的变异株。

出现的时间不明，盲猜和Delta同时期（吧）……

毕竟印度测序能力感人，搞不明白才是正常情况

入围《技术简报》和喜提WHO专属希腊字母的主要原因，则在于沾了亲兄弟Delta的光……其中Kappa还勉强有一次拿得出手的爆发记录，也就是2021年5月份导致墨尔本封城两周的那次~结果被墨尔本超神发挥，反手就给它摁没了，毫无悬念……

——请品鉴：

B.1.617.3则更是默默无闻，毫无亮点。

这两兄弟最后现身都是2021年9月中旬（印度和英国都有）。

哦对了，B.1.617.1的专属希腊字母也惨遭回收了~

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P.2同样从头到尾都毫无存在感的变异株，

同样是希腊字母称号惨遭剥夺的弱鸡。

入围《技术简报》和喜提WHO专属希腊字母的主要原因，

照例是沾了亲兄弟P.1（Gamma）的光……

最后一次现身是2021年10月6日（美国佛罗里达州）。

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P.32021年1月底被日本入境检疫机构挡获，来源于菲律宾。

由于长相和同样被日本入境检疫机构挡获的P.1（Gamma）太神似，

所以备受重视，毕竟趋同演化这种事情不是啥好兆头……

但P.3的实际战力似乎差了Gamma几条街~

不过也说不定，毕竟菲律宾测序工作太一言难尽，

所以我们其实并不知道这货在菲律宾境内到底流行到了什么程度，

以及现在还有没有继续存活~

另外这货它就是个入境检疫惯犯……

时不时就要在日本/韩国/香港/新加坡等入境检疫刷个存在感~

（这也侧面说明了，菲律宾的主要支柱产业，就是劳务输出）

最后一次现身是2021年9月初（日本入境检疫）。

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AV.1不要跟AY.1搞混了……

AY.1是Delta家族的长子长孙（虽然现在看起来挺挫），

而AV.1的全称则是B.1.1.482.1。

这货2021年3月底诞生于英国，

跟上面的P.2、P.3一样，这货完全没有实际战绩，

入围《技术简报》纯粹是因为突变位点看着太唬人，

特别是刺突蛋白部分（打红框的就是看着唬人的部分）~

——请品鉴：

没办法，那时候大伙儿被Beta和Gamma吓破了胆，看到E484K就瑟瑟发抖……

现在这货最大的存在意义，就是作为一个负面典型，

教育刚刚开始跟进变异株演化的postdoc们：

满身阴间突变并不一定厉害，决定变异株威胁程度的唯一标准，还得看实践检验。

AV.1最后一次现身是2021年7月份（在贝宁）

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B.1.1.318简单来说，B.1.1.318是整个VUI清单上仅次于AY.4.2和Mu的强悍存在，

但不知为啥从来没有混到WHO专属希腊字母，

可见WHO是多么地后知后觉……

B.1.1.318于2021年1月初诞生于尼日利亚（又是尼日利亚），

之后顶着当时的全球扛把子Alpha，

陆续抢到了毛里求斯、乌干达、希腊等好几个国家/地区的堂口，

并且直到7月中旬，都有能力在少数地区跟元祖版Delta正面拉锯~

——请品鉴下面这张经典老图：

↑ 上图是荷兰乌特勒支大学Henk-Jan Westeneng老师搞的希腊各变异毒株流行率增长速度多项式拟合（截止2021年7月15日）。

其中，中间的标杆（黑色虚线）是Alpha，（一代扛把子沦为背景板……）

其他毒株则用黑点表示。

黑点上面的黑色线段代表了置信区间，

黑点越靠右，则意味着该毒株相对于alpha的流行率增长率越高。

7月份的希腊，可能是Delta吃瘪最惨的场合……连前三都没挤进去

哦对了，上图排名第二的Other其实就是B.1.1.318的子毒株AZ.2~

Westeneng老师是搞算法的，毒株分类他不太熟，没认出来，所以一不小心闹了个小笑话，大伙儿请别在意。

总之，正因为B.1.1.318实力不俗，

所以子孙也比较繁茂，一共7个，

——请品鉴：