转载,对于一些潜力病毒认识_风闻
fengfei-2021-11-29 12:24
[变异毒株]Delta时代的那些非Delta余孽们 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/438847803
话说,
Omicron的出现,可能预示着Delta一桶浆糊的时代也许在不久的将来就会结束。
现在差不多是时候来回顾一下,
在Delta制霸全球的半年左右时间里,
有哪些毒株勉强抵挡住了后浪的清洗,没有完全死在沙滩上……
这次咱直接参考上一期英国卫生安全局的《格兰地区新冠病毒VOC/VUI技术简报》(以下简称技术简报)吧~
(最新一期是Omicron特辑,不看也罢)
虽然英国常年防疫拉胯,英国卫生安全局(UKHSA)的某些骚操作也争议不断,
但他们搞的这个已经连载了一年的《技术简报》吧,真的是没法黑。
一句话评价,这货就是如今全球最齐全、最准确、更新最及时的高危变异株清单,没有之一。
全面碾压WHO版本、CDC版本和ECDC版本无悬念。
那么今天咱就借着UKHSA这份技术简报来好好八卦一下,
在Delta一桶浆糊半年之后,
全世界范围内仍然顶着Delta的淫威顽强存活的那些低调毒株吧……
——开门见山,请品鉴:

↑ 如上图,简单来说,在英国时间2021年11月12日新鲜出炉的这份技术简报里面,
一共有33种变异株上榜(某些子毒株姑且算是同一种变异株)。
包括:
4种“值得关注的变异株”(variant of concern, VOC);9种“正在调查的变异株”(variant under investigation, VUI);以及20种“正在监测的变异株”(variant under monitoring,VUM)。其中知名度最高的显然是4种VOC,
并且UKHSA的这部分榜单刚好和世界卫生组织完全一致,
分别是大家耳熟能详的Alpha(B.1.1.7)、Beta(B.1.351)、Gamma(P.1)和Delta(B.1.617.2),以及各自的徒子徒孙们。
其中Delta早已一桶浆糊,并且咱之前已然八卦过很多次了,
今天就直接跳过不提了。
咱直接开八其他三家。
一、过气的VOC们咱先看看上一代的全球霸主Alpha。
现如今Alpha在全球大多数地区都已经完全销声匿迹,
只剩下柬埔寨东北部/泰国西南部这一小块稳定传播的地盘。
——请品鉴:
↑ 虽然市占率一再缩水,但直到11月初,都还勉强保留了一成地盘~
挺难得了。
除了中南半岛之外,
Alpha在法国、加拿大、英国、美国等地还偶尔有一点余孽冒头。
总的来说,数量不算多,但焦虑却一点都不少。
因为病毒就是病毒,突变就是宿命,
只要还在传播,突变就一刻都不会停,
在柬埔寨,最新版本的Alpha是这个造型的~
——请品鉴:
比原始版的Alpha多出了一大堆突变,
其中最让人头皮发麻的是刺突蛋白的E484K+Q677H+A688S。
E484K已经很有名了就不提了,
而后两个则跟原有的P681H一起构成了弗林蛋白酶切割位点附近豪华的三突变组合。
很焦虑!
但是,
这种程度的突变其实只能算常规发挥罢了,
在当今这种战斗力注水的高武世界里,这种只没遇到过武林奇遇的配角~
Alpha家族真正的奇行种,还得看咱法兰西(本文还会经常乳法……)
顺便一提,各位可能想不到,
其实法国是全球数一数二盛产阴间变异株的鬼地方,
总之,法国的独家限量款Alpha名叫Q.7,
这货长下面这样,
——请品鉴:
哦不对,放错图了~
——应该是这样:
天空飘来几个字:亲妈不认识!亲妈不认识,就是对Q.7最恰当的评价。
这货相对于原始版Alpha,多出了下列刺突蛋白突变:
134del+A163V+M177T+L303F+V308L+Y449H+N460K+I472F+G485V
这满满的免疫缺陷病例长期排毒的既视感是怎么一回事……
说完Alpha,咱再来看看Beta。
话说Beta从诞生之日起就从来没有在全球市面上占据过主流地位,
当初最辉煌的成就,也不过是统治了南非、卡塔尔和孟加拉而已~
而现在更是没了主基地,只剩下四处流窜作案的命……
——请品鉴:
↑ 以上是Beta最后的据点——泰国~
但截止11月初,市占率只剩1%左右了。
不过吧,百足之虫死而不僵,
这货已经在南非和欧洲保持流窜作案的状态好几个月了,
丝毫不见消停~照样隔几天冒出来一例,
并且还在流窜的过程中完成了超级赛亚人变身……
现在最新款的Beta,已经变成了这样子~
——请品鉴:
↑ 论起养蛊,南非表示,在座各位都是……
总之,最新款Beta喜提以下刺突蛋白突变:
N30T+141/143del+S371F+N450D+A475V+F490Y+S494P+Q498R+D737Y+F888L
眼都看花了啊有没有!
小声说,这尼玛又是典型的免疫缺陷病例长期排毒的造型……
而且考虑到南非那两成多的艾滋病流行率,
这种武林奇遇似乎就是注定会发生的事故……
摊手~
最后,还剩Gamma~
相对来说,Gamma应该算过气VOC三兄弟里边相对混得最好的一家~
毕竟南美山高皇帝远,之前Delta也曾经数次折戟~
不过吧,元祖版Delta搞不定的地盘,不一定Delta家族的徒子徒孙全都搞不定……
所以我们已经看到,在AY.25和AY.33等后浪的努力下,
南美这块最难啃的骨头已经被Delta彻底征服了,
而曾经的土皇帝Gamma,如今只剩下这么点地盘~
——请品鉴:
↑ 4%可还行?
剩下的96%全被Delta(和Mu)瓜分掉了……
并且吧,不知道是不是由于原始版的Gamma已经挺接近完全形态~
或者只是单纯由于点背……?
总之,在后面好几个月的流行过程当中,Gamma显得异常稳定~
现在最新款的P.1.12,
相对于元祖P.1来说,也不过多出4个刺突蛋白而已~
——请品鉴:
D138Y+R246G+T284I+N679K
虽然不多,但三个NTD突变加一个弗林蛋白酶切割位点突变,
勉强也算得上缺哪儿补哪儿了~
以及,最近南美已经出现反弹爆发前兆,
不知道Gamma能不能再次把握风口,
一举实现二段变身吧。
下面继续品鉴《技术简报》里的9种VUI(正在调查的变异株)。
分别是:
AY.4.2(Delta徒子徒孙之一)B.1.525(Eta)B.1.617.1(Kappa)B.1.621(Mu)P.2(Zeta)P.3(Theta)B.1.617.3AV.1B.1.1.318对了,大伙儿会不会觉着上面那堆代号……
就跟天书一样?
咱这就插播一个关于变异株名称的名词解释啊。
各位已经知道,新冠病毒的变异毒株层出不穷,
WHO搞的希腊字母命名法完全不够用的……
所以业界一般还是习惯用pango命名法。
用人话来说,pango命名法通常由从左到右3-4个小节组成,
每两个小节中间由分割符".“进行区分。
其中第一个小节是大写字母(一位字母或两位字母都可以),
比如说B.1.1.7,或者AY.4.2;
后面几节则全部是数字。
从左到右每个小节,都对应演化树上的一次进化枝分化
(可以类比初中学的“界门纲目科属种”不断细分)
以“”B.1.617.2”为例,
其中最左边的“B”,代表新冠病毒的B进化枝(当初武汉两种初始毒株之一);
“B.1”则代表B进化枝下的第一个分支;
然后“B.1.617”代表B.1进化枝下的第617个分支;
再然后,“B.1.617.2”代表B.1.617进化枝下的第2个分支。
在变异株名称长度达到4个小节之后,
Pango team的老师会约定一个新的专属英文简称,
用来专门指代上述4个小节。
比如AY.4.2里边的"AY”,
指代的就是"B.1.617.2"这4个小节。
所以AY.4.2的意思,就是“B.1.617.2.4.2”。
(或者说,AY.4.2相对于原始株而言,演化树已经分支了6次)
——一图秒懂,请品鉴:

回到主题,关于《技术简报》里边9种上榜VUI,一句话总结如下:
AY.4.2是Delta家族最耀眼的当红新星;Mu是当前新冠病毒江湖仅次于Delta的六边形全能战士(可惜照样不太挡得住Delta的蚕食);B.1.1.318是被WHO忽略的实力派干将(可惜还是挡不住Delta的猛攻);其他六位……则全都是已经过气但暂时没有死在沙滩上的前浪~说到前浪后浪推前浪,
现如今的《技术简报》清单,
其实非常形象地说明了新冠病毒演化至今已经发生的一种范式转换:
在前Delta时代,某种变异株是否牛鼻,需要从多维度评估,比如突变位点吓不吓人、传染性高不高、毒力猛不猛、免疫逃逸强不强,等等;而在Delta一桶浆糊的现在,判断变异株是否牛鼻的标准已经异常简洁且同质化——只要能继续苟活,不被Delta完全拍死在沙滩上,就是牛鼻,就是强。下面就一一简单点评几句吧~
B.1.525(Eta)这货大概在2020年7月份首次现身尼日利亚。
2021年3月底到达流行率顶峰,约占全球1%的样子~主要流行范围是以尼日利亚为中心的中部非洲地区,以及美国加拿大;其中在苏丹实现了超过五成的市占率。
——请品鉴:
这货之所以能喜提WHO专属希腊字母,主要原因是在非洲某些地方长时间持续处于主流地位。
2021年4月份之后,这货逐渐被Delta取代,现如今只剩零星散发。WHO专属希腊字母称号也被收回了……
最后一次现身是2021年9月20日(在荷兰)。
B.1.617.1(Kappa)和B.1.617.3毫无存在感的变异株。
出现的时间不明,盲猜和Delta同时期(吧)……
毕竟印度测序能力感人,搞不明白才是正常情况
入围《技术简报》和喜提WHO专属希腊字母的主要原因,则在于沾了亲兄弟Delta的光……其中Kappa还勉强有一次拿得出手的爆发记录,也就是2021年5月份导致墨尔本封城两周的那次~结果被墨尔本超神发挥,反手就给它摁没了,毫无悬念……
——请品鉴:
B.1.617.3则更是默默无闻,毫无亮点。
这两兄弟最后现身都是2021年9月中旬(印度和英国都有)。
哦对了,B.1.617.1的专属希腊字母也惨遭回收了~
P.2同样从头到尾都毫无存在感的变异株,
同样是希腊字母称号惨遭剥夺的弱鸡。
入围《技术简报》和喜提WHO专属希腊字母的主要原因,
照例是沾了亲兄弟P.1(Gamma)的光……
最后一次现身是2021年10月6日(美国佛罗里达州)。
P.32021年1月底被日本入境检疫机构挡获,来源于菲律宾。
由于长相和同样被日本入境检疫机构挡获的P.1(Gamma)太神似,
所以备受重视,毕竟趋同演化这种事情不是啥好兆头……
但P.3的实际战力似乎差了Gamma几条街~
不过也说不定,毕竟菲律宾测序工作太一言难尽,
所以我们其实并不知道这货在菲律宾境内到底流行到了什么程度,
以及现在还有没有继续存活~
另外这货它就是个入境检疫惯犯……
时不时就要在日本/韩国/香港/新加坡等入境检疫刷个存在感~
(这也侧面说明了,菲律宾的主要支柱产业,就是劳务输出)
最后一次现身是2021年9月初(日本入境检疫)。
AV.1不要跟AY.1搞混了……
AY.1是Delta家族的长子长孙(虽然现在看起来挺挫),
而AV.1的全称则是B.1.1.482.1。
这货2021年3月底诞生于英国,
跟上面的P.2、P.3一样,这货完全没有实际战绩,
入围《技术简报》纯粹是因为突变位点看着太唬人,
特别是刺突蛋白部分(打红框的就是看着唬人的部分)~
——请品鉴:
没办法,那时候大伙儿被Beta和Gamma吓破了胆,看到E484K就瑟瑟发抖……
现在这货最大的存在意义,就是作为一个负面典型,
教育刚刚开始跟进变异株演化的postdoc们:
满身阴间突变并不一定厉害,决定变异株威胁程度的唯一标准,还得看实践检验。
AV.1最后一次现身是2021年7月份(在贝宁)
B.1.1.318简单来说,B.1.1.318是整个VUI清单上仅次于AY.4.2和Mu的强悍存在,
但不知为啥从来没有混到WHO专属希腊字母,
可见WHO是多么地后知后觉……
B.1.1.318于2021年1月初诞生于尼日利亚(又是尼日利亚),
之后顶着当时的全球扛把子Alpha,
陆续抢到了毛里求斯、乌干达、希腊等好几个国家/地区的堂口,
并且直到7月中旬,都有能力在少数地区跟元祖版Delta正面拉锯~
——请品鉴下面这张经典老图:
↑ 上图是荷兰乌特勒支大学Henk-Jan Westeneng老师搞的希腊各变异毒株流行率增长速度多项式拟合(截止2021年7月15日)。
其中,中间的标杆(黑色虚线)是Alpha,(一代扛把子沦为背景板……)
其他毒株则用黑点表示。
黑点上面的黑色线段代表了置信区间,
黑点越靠右,则意味着该毒株相对于alpha的流行率增长率越高。
7月份的希腊,可能是Delta吃瘪最惨的场合……连前三都没挤进去
哦对了,上图排名第二的Other其实就是B.1.1.318的子毒株AZ.2~
Westeneng老师是搞算法的,毒株分类他不太熟,没认出来,所以一不小心闹了个小笑话,大伙儿请别在意。
总之,正因为B.1.1.318实力不俗,
所以子孙也比较繁茂,一共7个,
——请品鉴:
