了解环状RNA基因敲除细胞株原理_风闻

随着越来越多内源性的circRNA被发现在人体组织中有着广泛表达，circRNA与疾病的关系逐渐成为焦点。目前研究最多的是circRNA与实体瘤之间的关系，促进肿瘤生成的一些circRNA，如头颈部鳞状细胞癌中的circPvt1；结直肠癌，食道鳞状细胞癌和肝细胞癌中的cirs-7（CDr1as）。抑制肿瘤的circRNA，如胶质母细胞瘤中的circsMARCA5 and circ-SHPRH。还有一些circRNA在不同组织或不同细胞所起的作用可能不同，如circHiPK3，在直肠癌中是原癌基因，但是在膀胱癌中又是抑制癌细胞的。

除了癌症，研究还发现circRNA与糖尿病，心血管疾病，慢性炎症和神经系统疾病都有密切的关系。相信随着生物技术的发展以及越来越多对circRNA的深入研究，circRNA的形成和作用机理可以更加清晰，在疾病预防，检测及治疗方面也可以起到重要的作用。

 circRNA敲除是指在基因DNA水平进行编辑，达到彻底敲除的目的。CRISPR-U™是源井生物自主研发的细胞基因编辑技术，比普通CRISPR/Cas9技术的基因切割效率提高10-20倍。通过CRISPR-U™将gRNA和Cas9转入细胞中，药筛完成后挑选单克隆培养。选择不同的克隆分别进行靶位点扩增及测序验证，筛选出敲除circRNA的阳性克隆。

circRNA敲除方案比较难设计，一般会使用以下两种方法：

方案一

将两条gRNA分别设计在circRNA exon的两端，直接敲除环化的外显子序列。这种方案虽然敲除彻底，但是在敲除circRNA的同时，也会影响到编码蛋白的亲本基因，需要根据具体的实验目的考虑是否可行。

方案二

通过破坏circRNA成环来达到敲除的目的。需要先找到circRNA的成环元件，成环元件一般位于被环化外显子两端的长侧翼内含子中。找到成环元件后，在两端设计gRNA进行敲除，既不破坏编码基因的外显子，又可以实现circRNA的敲除。

源井生物凭借丰富的基因编辑方案设计经验，对circRNA设计敲除外显子侧翼内含子中的成环元件的方案，来达到破坏circRNA成环同时又不影响编码基因表达的目的。结合CRISPR-U™高效编辑技术，效率是普通方法的10倍，可以快速筛选出circRNA敲除的阳性克隆。

应用案例：

 circ-HIPK3是人体细胞内含量丰富的一种环状RNA，它可以与多种miRNA结合，作为细胞生长的调节剂，影响肿瘤的形成。为了验证circ-HIPK3成环的机制，需要找到侧翼内含子中的成环元件，对上下游预测的两个成环元件分别设计一对sgRNA，利用CRISPR/Cas9系统将预测的成环元件进行敲除，检测circRNA表达情况是否发生变化。经过PCR和RT-QPCR验证，发现下游成环元件敲除后，circHIPK3表达明显下调，而上游成环元件敲除后，circHIPK3的表达不仅没有下调还有所升高。推测可能是上游的成环元件序列太多，预测的不准确。为了进一步验证是其他成环元件驱动的成环，将gRNA3或gRNA4分别与gRNA5或gRNA6共注射，敲除成环元件上游大片段内含子。RT-QPCR结果显示circHIPK3表达确实下降了，说明上游是由其他的成环元件起到成环的作用。

参考文献：

Zheng, Q., Bao, C., Guo, W., Li, S., Chen, J., Chen, B., … & Liang, L. (2016). Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3

that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Naturecommunications, 7(1), 1-13.